VU Polonistikos centras (iki 2007 m. – Lenkų filologijos katedra) buvo įkurtas 1993 metų rudenį pagal Lenkijos ir Lietuvos vyriausybių susitarimą. Tokią galimybę atvėrė dešimtajame dešimtmetyje Lietuvoje ir Lenkijoje įvykusios socialinės ir politinės permainos, taip pat suaktyvėjęs kultūrinis abiejų šalių bendradarbiavimas. Pagal sutartį Vilniaus bei Varšuvos universitetai įsipareigojo pariteto principu įsteigti šiose aukštosiose mokyklose atitinkamai polonistikos katedrą Vilniaus universiteto Filologijos fakultete bei lituanistikos katedrą prie Varšuvos universiteto Polonistikos fakulteto Bendrosios kalbotyros ir baltistikos katedros. Šitaip buvo užpildyta rimta spraga, turint galvoje, jog po karo polonistikos studijos Vilniaus universitete, deja, neegzistavo.

Žinoma, lenkų kaip užsienio kalba Vilniaus universitete buvo dėstoma dar prieš Lietuvai atgaunant nepriklausomybę. Filologijos, Istorijos ir Bibliotekininkystės fakultetų studentams buvo skirtas fragmentinis kursas (64-128 val. per mokslo metus), tačiau pagrindinis šio dalyko uždavinys buvo ne kompleksinis komunikacinės ir tarpkultūrinės kompetencijų bei specialiųjų filologinių gebėjimų ugdymas, o bendrųjų žinių apie lenkų kalbos struktūrą perteikimas ir mokymasis suprasti originalia kalba parašytus tekstus, ypač dalykinius. Iki tol Lietuvoje polonistiką buvo galima studijuoti tik tuometiniame Vilniaus pedagoginiame institute (dabar – VPU), stoti į polonistiką galėjo tik baigusieji vidurines mokyklas lenkų dėstomąja kalba.

Vilniaus universiteto Polonistikos centras tapo vienintele Lietuvoje švietimo ir mokslo įstaiga, siūlančia polonistiką studijuoti visiems norintiesiems, nepriklausomai nuo kalbos mokėjimo lygio ir tautybės. Čia gali studijuoti tiek asmenys, baigę mokyklas lenkų dėstomąja kalba, tiek lietuvių ir rusų mokyklų absolventai, kuriems lenkų kalba nėra gimtoji. Pirmieji absolventai lenkų filologiją baigė 1997 metais (iki 2014 m. iš viso  - apie 300 absolventų).

VU Polonistikos centras gana greitai tapo pripažinta institucija, stiprinančia kaimyninių šalių kultūrinius, mokslinius, visuomeninius ryšius. Per keliolika metų Centro mokslinis-didaktinis personalas gerokai sustiprėjo, palaipsniui susiformavo aiškios veiklos ir mokslinių interesų sritys. Pradedant praktiškai nuo nulio, buvo išugdyta dėstytojų ir jaunų mokslininkų karta, apgintos 8 disertacijos, išleista nemaža monografijų, kitų mokslo ir studijų darbų. Iš 8 Polonistikos centro dėstytojų šiuo metu vienas yra profesorius, 3 – docentai, 4 – mokslų daktarai. Visi dėstytojai aktyviai dalyvauja šalies ir užsienio mokslinėse konferencijose, dirba individualų ar kolektyvinį tiriamąjį darbą, gilindamiesi tiek į lenkų kalbą Lietuvoje, tiek į Lietuvos ir Lenkijos literatūrinius ir kultūrinius ryšius. Polonistikos vadovo pareigas eina žinomas lietuvių bei lenkų literatūrų tyrinėtojas prof. habil. dr. Algis Kalėda, lenkų literatūros vertėjas į lietuvių kalbą.