Centrum Polonistyczne Uniwersytetu Wileńskiego (do 2007 roku - Katedra Filologii Polskiej) powstało jesienią 1993 roku  na mocy umowy między rządami Polski i Litwy. Stało się to możliwe dzięki przemianom społeczno-politycznym zachodzącym na Litwie i w Polsce po r. 1990, jak też dzięki intensywnym kontaktom  kulturalnym między obu krajami. Zgodnie z podpisaną umową, Uniwersytet Wileński z Uniwersytetem Warszawskim powzięły zobowiązanie o utworzeniu na zasadach parytetu we własnych uczelniach katedr polonistyki na Wydziale Filologicznym Uniwersytetu Wileńskiego i lituanistyki na Wydziale Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego (przy Katedrze Językoznawstwa Ogólnego i Bałtystyki). Wypełniono w ten sposób poważną lukę, gdyż w latach powojennych polonistyka, niestety, na Uniwersytecie Wileńskim nie istniała. Od początku swej działalności Centrum Polonistyczne nawiązuje do chlubnych tradycji wileńskiej polonistyki przedwojennej Uniwersytetu Stefana Batorego reprezentowanej m.in. przez takich wybitnych przedstawicieli nauki i kultury jak: Konrad Górski, Manfred Kridl, Stanisław Pigoń, Czesław Zgorzelski, Halina Turska i wielu innych.

Do podniesienia poziomu naukowo-dydaktycznego naszej placówki w sposób istotny przyczynili się delegowani do Wilna przez MEN wysoko wykwalifikowani specjaliści z różnych uniwersytetów polskich: już w r. 1993 prof. Tadeusz Bujnicki (Uniwersytet Jagielloński) i prof. Elżbieta Janus (UW, Uniwersytet Kardynała St. Wyszyńskiego w Warszawie) zapoczątkowali cykl przyjazdów wykładowców z Polski. Później byli to uczeni z uniwersytetów: Warszawskiego, Jagiellońskiego, Poznańskiego, Lubelskiego i in., zarówno językoznawcy jak i historycy literatury. Ich wytrwałej i wielostronnej pracy kierunek i katedra zawdzięczają bardzo wiele. Wymienić tu można m.in. znanych badaczy literatury polskiej jak prof. Zofia Trojanowiczowa, prof. Alina Kowalczykowa, prof. Zbigniew Sudolski, prof. Marta Wyka; językoznawców, jak: prof. prof. Anna Wierzbicka (Australian National University, Canberra), Andrzej Bogusławski, Ewa Rzetelska-Feleszko, Władysław Kupiszewski, Stanisław Dubisz i wielu innych naukowców. A więc już w pierwszych latach swego istnieniaCentrum Polonistyczne Uniwersytetu Wileńskiego stało się prężnie działającą placówką naukową.

W 1999 roku Centrum doczekało się pierwszych własnych pracowników ze stopniem naukowym doktora. W tej chwili mamy 8 pracowników naukowo-dydaktycznych, z których 1 ma stopień doktora habilitowanego i 7 ma stopień doktora. Obowiązki kierownika Centrum Polonistycznego Uniwersytetu Wileńskiego pełni prof. dr hab. Algis Kalėda, historyk i teoretyk literatury, znakomity tłumacz literatury polskiej na język litewski, m.in. twórczości Czesława Miłosza.

Funkcjonowanie polonistyki na Uniwersytecie Wileńskim jako odrębnej jednostki dydaktyczno-naukowej w strukturze Wydziału Filologicznego wykazało, że jest ona placówką ważną i potrzebną. Świadczy o tym m.in. prowadzenie lektoratów języka polskiego na innych wydziałach i kierunkach uniwersytetu. Poszerza się też geografia studentów polonistyki: o ile na początku dominowali uczniowie ze szkół Wilna i Wileńszczyzny, o tyle teraz wśród studentów  są osoby, które ukończyły szkoły średnie w Olicie, Mariampolu, Połądze, Poniewieżu, Druskienikach i Kłajpedzie. Pierwsi absolwenci opuścili filologię polską w 1997 roku. W ciągu 20 lat dyplomy filologa polonisty z tytułem bakałarza otrzymało prawie 300 absolwentów. Część z nich kontynuowała studia filologiczne na poziomie studiów magisterskich na Wydziale Filologii Uniwersytetu Wileńskiego bądź też w uniwersytetach w Polsce, np. na Uniwersytecie Warszawskim, w Katolickim Uniwersytecie w Lublinie, na Uniwersytecie Jagiellońskim. Godny odnotowania jest fakt, że wśród naszych absolwentów są już 4 osoby z tytułami doktora nauk w zakresie filologii polskiej.

Jako dowód uznania za wybitne zasługi w krzewieniu języka polskiego i kultury polskiej za granicą w 2007 roku  decyzją Kapituły Nagrody „Polonicum” pod patronatem Rektora Uniwersytetu Warszawskiego, Marszałka Senatu RP i Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego RP  dla Centrum Polonistycznego Uniwersytetu Wileńskiego przyznano wyróżnienie.